1590年，美国。一个叫做罗诺克的小岛上，全岛117人突然消失。最后可以找到的线索只有“Croatan”这个词。

　　1872年，大西洋上。漂流中的玛丽•塞莱斯特号上的所有人全部消失了。在航海日志上留着“12月4日，我，妻子玛丽”这样有头没尾的话。
　　1976年，日本，夜美岛。一个月高风清的夜晚，海水变成了红色，随着神秘的“死魂曲”的响起，突然间岛上所有居民全部消失了。唯一还活着的男人——土田圭(阿部宽饰)，似乎已经丧失了意识，疯疯癫癫地只重复着“死魂曲响了不能出门”。

　　这一切到底是怎么回事，事件的真相到底如何？没人能够解答。随着岁月的流逝，夜美岛也似乎随着新居民的增多而归于平静……

　　29年后，为了治疗弟弟英夫(西山润饰)的哮喘，18岁的天本由贵(市川由衣饰)姐弟二人随父亲天本真一(森本治行饰)从市区来到了夜美岛，自母亲去世后，由贵在这个家里便担当起了母亲的角色，照顾着孤独的父亲和弟弟。

　　来迎接他们的是英夫的主治医生——岛上年轻有为的南田丰(田中直树饰)大夫，热心的南田丰带着他们参观了整个小岛，并告知他们这个岛上的禁忌：“天黑不要出门”、“不要接近森林中的铁塔”等。与态度和蔼的南田丰正好相反，岛上的其他居民对他们一家的到来并不表示欢迎。
　　由贵感觉屋子外面似乎总有人在不怀好意地监视着他们的一举一动，于是她开始不断地疑神疑鬼。好心的邻居里美(西田尚美饰)也警告她“一旦听到死魂曲响起，千万不要出门。”某天，死魂曲响起了……父亲和弟弟没有听从警告，在死魂曲响起后出了门……不仅如此，由贵还发现了29年前留下的唯一一个残存不全的日记簿。

　　土著的宗教、废墟中的字谜、神秘的红衣女子，一个个不解之谜接二连三的出现……