日本战国时期，皇权削弱，各路诸侯大名争端纷起，战乱不断，直到霸主丰臣秀吉的出现，各处争战才得以平息，迎来了短暂的和平。但是，好景不长，丰臣秀吉死后，德川家康继续统治日本，但政权很不稳定，天下再次大乱。1600年，反叛诸侯原丰臣的家臣石田三成举兵，直指德川家康，史称\"关原合战\"。德川家康联合诸路大名，大败叛军石田三成。此时，德川家康统一天下似成定局，但是，秀吉的遗子秀赖长大成人后，得到许多有势力的大名支持，叛军势力也逐渐扩大，直接威胁德川的统治，战乱眼看又要一触即发……
　　少女阿墨在这场战乱中失去了所有的亲人，被一个陌生老人收养，并和一群孩子开始接受残酷的训练，目的只有一个：成为最强的杀手。这位老人真名叫小幡月斋，他受当权者德川家康身边高僧南光仿天海的托付，秘密培养顶尖刺客，以便暗杀谋反者，将叛乱扼杀在襁褓之中
　　十年后，小幡月斋终于训练出了十名杀手，其中就包括少女阿墨。小幡月斋命令他们开始行动，执行暗杀计划。十个已被训练为职业杀手的孩子，充满了勇气和斗志，却不知等待他们的将是残酷的命运。在上路之前，小幡月斋命令他们和自己最喜欢的人两两分组，等十人分为五组后，再命令组里的两人互相拼杀，只能一人生还。阿墨和男孩奈知分在一组，他们之间本来已经有了朦胧的爱情，但二人毕竟难逃宿命的对决，最终阿墨只能忍痛挥剑杀死了奈知。于是，小幡月斋训练的十位杀手中，只剩下浮叶、日向、天每木、长良和阿墨五个人。
　　阿墨等人接到的第一个刺杀命令，是暗杀谋反者的领袖，原丰臣手下大名浅野长政，暗杀成功之后，他们奔向第二个目标——大名加藤清正。但是加藤清正身边的谋士井上勘兵卫，想出影武者（替身）的办法躲过了阿墨等人的刺杀。谋反集团为了对付阿墨等人的暗杀，也成立了自己的杀手组织：井上勘兵卫选出手下的剑术高手忍者飞猿、偏爱虐杀的最上美女丸，并召集了凶狠的佐敷一心、二斋、三藏三兄弟，也组成了一支五人刺杀队，直指阿墨五人组。
　　此时，叛军原丰臣的力量不断增强，加之上一届日本统治者丰臣秀吉的遗子秀赖也已长大成人，他们认为时机已经成熟，可以东山再起，对德川家康的统治发起最后攻击。而另一边，德川家康的势力也在不断膨胀，更需要短期内彻底统一天下，安定民心。为达目的，德川家康的谋士南光仿天海高僧（即是他提出训练阿墨等杀手）提出，必须组织一个更加庞大的精英杀手集团，而在这10人中，阿墨不仅是唯一的女性，同时也是剑术最高的杀手。
　　面对无止尽的杀戮，奔波在追杀与被杀之间的少女阿墨，开始怀疑自己血泪以求天下安定的使命，可是，在别人眼里，她仅仅是一个残酷的冷血杀手，而少女阿墨，也根本无法从这场宿命的杀戮中逃脱出来……