2015年，“血腥除夕夜”事件已经兵过去了十五年，如今世人都认为巨型机器人毁灭人类计划是邪恶恐怖分子贤知策划的，而拯救世界的则是戴着怪面罩的神秘人“朋友”，无数人将之奉为神灵。“朋友”发出预言：“不久人类就会迎来止灭顶窄之灾，只有相信我的人才能获得拯救。”
        雪次代替失踪的贤知将他的侄女神乃抚养长大。神乃已经长成了聪明活泼的高中生，她知道其实是舅舅一行人解救了人类的危机，对学校颠倒黑白的历史教学十分气愤。布里多尼因为目击友民党杀人灭口的场面而遭到追杀，神乃帮他藏匿行踪，年轻的警察蝶野为其所动也出手相助。由于国家已经遭到友民党控制，神乃被视为学校的异端，被送到“友民园地”学习，那是一个给人洗脑的设施。
        神乃和同学小泉响子一同来到“友民园地”。由于成绩出色，她们得以进入追加舞台。那里重现了1971年的世界，神乃在小学的理科教室、响子在教学楼屋顶平台，探寻着友民党的真相。
        与此同时，流散到各处的秘密基地的伙伴们正分别进行着地下抗争。阿区计划越狱，义常率领团队暗中潜伏，丸尾静待时机，阿门经过不懈的调查发现了《真预言书》。
        细菌学家山根、当年的转校生佐田清志……儿时的记忆渐渐复苏。究竟谁是“朋友”？已然降临于这个世界的危机能否得以化解？