计划支配全世界的秘密组织SHOCKER对本乡猛进行了人体改造，使之具备了超人的战斗能力。然而本乡脱离了SHOCKER的精神控制，反而利用自己的能力与之斗争，阻止了危害世界的阴谋。

两年过去了。最近连续发生神秘杀人事件，死者的脸都被残忍地刻花，而且被害现场总在播放当红偶像歌星千春的歌。如今的本乡在高中当老师。他的班里有个叫菊间琴美的女生，她和千春是好朋友。因为许久联系不上千春，琴美担心之下展开了调查行动。六个邪恶的假面骑士突然出现阻击琴美，危机时刻，本乡解救了她。

千春的兄长风间志郎是新兴IT企业的社长。本乡和琴美一起来走访了风间。不料，他竟是经过改造的超级假面骑士V3。

V3率领其它假面骑士攻击本乡，在众多强敌面前本乡陷入了绝境。然而另一位正义的假面骑士一文字隼人站到了本乡这边，向他伸出了援手。

决战在即，势单力孤的两位假面骑士究竟能否拯救世界？！