序幕

1945年，海军中尉榎木津礼二郎（阿部宽饰）在战场上救了一个战友（宫藤官九郎饰）。那人自称久保中尉，但他其实只是个普通士兵，为了能在被俘时获得较好的待遇，他从尸体上偷了身份证明假冒军官。一场爆炸令榎木津的左眼失明，他躲进山洞里准备拿布包扎伤口。突然，他凝视着久保脸上露出了难以置信的表情。原来通过左眼，他竟看到了久保的过去……

榎木津和阳子

1952年，榎木津在东京开了一家侦探事务所。这天，叔父今出川（笹野高史饰）给他介绍了一个美貌的女委托人——原电影明星柚木阳子（黑木瞳饰）。阳子曾经以艺名美波绢子活跃在大银幕上，却在事业的巅峰突然引退。阳子14岁的女儿加菜子（寺岛咲饰）失踪了。

加菜子是阳子和大财阀柴田会长之孙弘哉之间的女儿。阳子和弘哉虽然相爱，但最终没能结婚。弘哉夫妇病死后，加菜子成了财产继承人。会长派遣雨宫（右近健一饰）前去照顾母女俩，忠诚和善的雨宫获得了加菜子和阳子的信任。而这次绑架加菜子的正是雨宫，指使他的是柴田家的顾问律师增冈（大泽树生饰）。原来，92岁的柴田会长病倒了，他宣布将全部财产都留给加菜子，增冈决定赶在反对派之前行动，将继承人捏在自己手里。阳子希望加菜子能放弃继承权，母女两人能过平稳的日子就好。

在榎木津的陪同下，阳子见到了增冈。增冈矢口否认自己与加菜子的失踪有关。榎木津看出了他的秘密，查知女孩被安顿在增冈的老家。两人立刻赶了过去，却晚了一部。加菜子溜了出去，和同学赖子（谷村美月饰）一道去了学校……

关口、敦子和鸟口

十小时前，走在大街上的作家关口巽（椎名桔平饰）被《犯罪实录月刊》的记者鸟口守彦（Magy饰）叫住了。最近发生了美少女被肢解的离奇连续杀人事件，鸟口拜托他写这方面的文章，关口一口答应。

在《近代文艺》编辑部，关口碰到了新锐幻想小说家久保竣公——他就是七年前榎木津救过的那名士兵。久保向关口透露了连续杀人事件的一些内幕，令他十分震惊。

关口和《稀坛月报》的年轻记者中禅寺敦子（田中丽奈饰）一起开始了调查。鸟口告诉他们，新星宗教“深秘御筥教”可能与之有关。该教拥有大量的信徒，他们进献自己的财物，将之锁入神圣的御筥一次来驱除污秽。关口和敦子扮成一对夫妇请求与教主寺田兵卫（大森博史饰）会面，而鸟口则屏息拿着录音机埋伏在暗处……

青木警官和木场警官

三小时前，遭停职反省处分的木场修太郎警官（宫迫博之饰）正在电影院看美波绢子主演的片子。负责侦破连续杀人事件的后辈青木警官（堀部圭亮饰）来到了他，请他帮忙。但木场表示自己丝毫不感兴趣。

是夜，青木乘坐的列车在武藏小杉站紧急刹车。原来有人从站台跌下被车撞了。而被撞的正是加菜子。身在现场的赖子说，有个男人把加菜子推了下去。

阳子赶到了医院，决定把重伤濒死的加菜子转到有名的美马坂医学教授研究所去。榎木津注视着阳子问道：“要象以前那样去那个匣子一般的楼里么？”阳子露出了难以言状的表情。

美马坂医学教授研究所是一座矗立于悬崖之上巨型长方体建筑，外号“匣馆”。次日，运送加菜子的救护车和随同车辆消失在了匣馆的领地中……

高潮 

三起事件都与匣子，可怕的谜团等待着奇人京极堂去解开。敦子的哥哥、经营“京极堂”旧书店的中禅寺秋彦登场了……