1590年，美国。一个叫做罗诺克的小岛上，全岛117人突然消失。最后可以找到的线索只有“Croatan”这个词1872年，大西洋上。漂流中的玛丽·塞莱斯特号上的所有人全部消失了。在航海日志上留着“12月4日，我，妻子玛丽”这样有头没尾的话。1976年，日本，夜美岛。


　　一个月高风清的夜晚，海水变成了红色，随着神秘的“死魂曲”的响起，突然间岛上所有居民全部消失了。唯一还活着的男人——土田圭（阿部宽饰），似乎已经丧失了意识，疯疯癫癫地只重复着“死魂曲响了不能出门”。这一切到底是怎么回事，事件的真相到底如何……

1590年，美国。北卡罗莱纳州的罗阿诺克岛上的117位居民突然消失，只留下谜样的文字“Croatan”。 


　　1872年，大西洋。漂流在大西洋上的“马利-西里斯得号”被发现时全部组员如人间蒸发般全数消失。船长的航海日志上最后仅记载着“12月4日，我的妻子玛莉……” 


　　1976年，日本。夜美岛，狂风之夜，被染成红色的海，谜样的警报声响起，岛上的居民突然全部消失。仅寻获一个失魂男子(阿部宽)，不断如发狂般重复着”警报声响起时，千万不要外出”这句令人费解的话语。 


　　没有任何一个线索可以解开这个谜题，整个事件都将埋葬在黑暗中了……谜一般的事件随着时间渐渐淡去…… 


　　当此一无解的诡异事件的舞台——夜美岛，开始有新的居民迁入，似乎又回到平静的生活了。 


　　事件发生后的29年，天本由贵(市川由衣)和自由作家的父亲真一(森本雷欧)为了病弱的弟弟英夫(西山润)身体疗养的缘故，三人一起迁居至夜美岛。单亲家庭的缘故，由贵必须要一肩担负起母亲照顾家人的责任。 


　　带领她们到岛上新家的是弟弟英夫的主治医生南田丰(田中直树)并且带领由贵一家人认识岛上的一切。但是由贵对于岛上居民奇怪的眼神有着非常不舒服的感觉。 


　　帮忙由贵处理搬家事宜的邻家女孩里美给了由贵一些在岛上生活的忠告：“晚上尽量少出门”、“不要太靠近森林的铁塔”等等，但是让由贵感到最在意最不舒服的一句话是：当警报声响起时，千万不要外出…… 


　　奇怪的遭遇、神秘的异教、废墟中奇怪的文字、让人毛骨悚然的岛歌、人影突然消失的街道、穿红衣的神秘少女……然后第一次的警报声响起，在警报响起声中外出的父亲，渐渐变得越来越怪异。 


　　“警报声到底是什么？到底是在哪个地方响起的？”由贵迫切的想从南田医生那边得到答案。然后由贵在废墟中发现了29年前全岛岛民消失时所残留的手记。手记里记载着夜美岛被封印的禁忌历史——让人无法理解惊愕的事实，绝对无法解开的谜。里面记载的是由贵怎么也无法明白的事件。